Министерство сельского хозяйства Краснодарского края приняло на себя функциональные обязанности одноименного департамента региональной администрации с июля 2012 года. При реорганизации министерскую структуру дополнило управление по виноградарству, садоводству и виноделию.

Министерство как орган региональной исполнительной власти наделен следующими компетенциями в агропромышленной сфере:

• регулировать нормативно-правовую базу и разрабатывать законодательные проекты;
• оказывать госуслуги, управлять и рационально распоряжаться собственностью АПК, осуществляя надзор за использованием земельных наделов сельхозназначения и в племенном животноводстве;
• контролировать и координировать работу подведомственных исполнительных органов - служб ветеринарии и регионального надзора за состоянием всего комплекса сельхозтехники и средств технического контроля.

Минсельхоз региона возглавляет министр, кандидатура которого предлагается руководителем краевого правительства и утверждается губернатором. Должность главы ведомства на Кубани занимает с марта 2013 года замглавы региональной администрации Сергей Валентинович Гаркуша.